一般治疗生殖器疱疹是不会彻底清除病毒的，也不能阻止生殖器疱疹的复发，现在很多医院治疗生殖器疱疹的主要目的是缓解症状、减轻基本能够疼痛、缩短病程以及方式感染等。治疗方法分为一般性治疗、抗病毒性治疗以及中医中药治疗等。
一般疗法
①主要是保持局部清洁、干燥及疱壁完整。可每天用等渗生理盐水清洗，疼痛者可口服止痛药，给予精神安慰。
②并发细菌感染者，可外用抗生素药膏。
③局部疼痛明显者，可用5%盐酸利多卡因软膏或口服止痛药。
④精神安慰，说明复发的原因和如何治疗及处理。
⑤女性复发性生殖器疱疹须作妇科检查以除外子宫颈癌。
抗病毒药治疗
①无环鸟苷(阿昔洛韦片)被认为是目前最有效的抗HSV药物。病情严重者可静脉给药，剂量为每公斤体重5mg，每8小时1次，共5～7天。一般病人可口服，每次200mg，每日4～5次，共7～10天。严重者可静脉滴注，外用无环鸟苷软膏擦患处。
②三氮唑核苷是一种鸟嘌呤核苷的类似物，有抗DNA和RNA病毒的作用，每天服800mg，共10天，能减轻疼痛和缩短病程。
③免疫刺激剂口服左旋咪唑有一定的疗效，但有报告效果不太肯定，体外发现干扰素对HSV有抑制作用，临床治疗作用尚在研究中。
④干忧素100万单位天肌肉注射，连续治疗7-10天。聚肌胞(诱生剂)一次20mg肌注，第周两次。2-4周为一疗程。
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