现在治疗生殖器疱疹的药物有很多，其中阿昔洛韦、法昔洛韦、更昔洛韦、万乃洛韦等抗病毒药物是治疗生殖器疱疹的首选药物。对于一年内复发6次以上者，有人提出可以采取维持剂量抑制疗法，需要连续用药超过1年，疗效较好。
(1)对于长期服用阿昔洛韦是否可以预防生殖器疱疹的复发，目前医学界尚有争论，有的专家主张短期服药控制病情，有的则认为可以连续服药半年至一年以上。
(2)有人提出阿昔洛韦与丙磺舒同时服用，可以前者减缓排泄，延长血浆的半衰期，维持药物在体内的一个较高的抗病毒水平，减少复发。
(3)有人报道用阿昔洛韦配合注射卡介菌多糖核酸，可以明显降低HG的复发率。也有试用人白细胞干扰素来抑制病毒病毒繁殖减少复发，取得一定疗效。
(4)有的学者提出，对男性患者施行包皮环切术可以明显减少生殖器疱疹的复发。
(5)凡是生殖器疱疹患者均应做梅毒血清学，或者衣原体检查，以明确是否同时存在多种性病。
(6)积极治疗生殖器部位的相关疾病，如外阴肛门周围的湿疹、疥疮、阴道炎、肛痔、肛裂、肛窦等。
(7)在生殖器疱疹发病的急性期，应避免用热水烫洗、摩擦、搔抓等刺激，防止水疱破溃糜烂，尽量保持局部干燥、结痂。继发感染时应同时进行抗感染治疗。
(8)治疗期间尽量禁止性生活。性接触时要求必须使用避孕套，患者必须知道“避孕套可能减少本病传播，但并不能完全防止HSV-2通过乳胶薄膜而传染对方”。另外，积极动员其性伴进行检查治疗，因为有很多生殖器疱疹的性伴常常是无症状的病毒排放者，他(她)们才是最重要的传染源。
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