结肠镜检查过程中可能会有轻微不适，但多数患者可以耐受。检查前会使用镇静药物减轻痛苦，具体感受因人而异。
结肠镜检查的不适感主要来源于肠镜通过肠道弯曲部位时的牵拉感，这种牵拉可能引起腹胀或短暂绞痛。现代结肠镜设备管径较细且柔软，配合医师的规范操作，能显著降低机械刺激带来的不适。检查前使用的解痉药物可减少肠道痉挛，静脉镇静能使患者在浅睡眠状态下完成检查。部分医疗机构还提供无痛结肠镜选项，通过全身麻醉实现完全无感检查。
少数敏感体质患者可能在检查后出现持续数小时的腹部隐痛，这与肠腔充气扩张有关。既往有腹部手术史导致肠粘连的患者，肠镜通过粘连部位时可能产生较强痛感。对疼痛阈值较低或存在严重肠炎的患者，建议提前与医生沟通采用无痛方案。检查后适当走动有助于排出肠内气体，缓解腹胀不适。
建议检查前3天开始低渣饮食，前一晚严格按医嘱服用清肠剂。检查当日穿着宽松衣物，携带既往胃肠检查报告供医生参考。完成检查后2小时内避免驾驶，24小时内不宜进行高空作业等需要高度专注力的活动。
