扁桃体切除后可能出现短期不适和长期免疫功能调整，但多数情况下不会对健康造成严重影响。
扁桃体切除术后24小时内可能出现创面渗血，表现为唾液带血丝或轻微出血，通常通过局部冷敷和卧床休息即可缓解。术后1-2周内常见咽喉疼痛和吞咽困难，疼痛程度因人而异，可遵医嘱使用布洛芬混悬液、对乙酰氨基酚口服溶液等镇痛药物。部分患者会出现暂时性味觉改变，这与手术区域神经暂时性损伤有关，多数在3-6个月内逐渐恢复。儿童患者术后可能出现短暂发热，体温多在38℃以下，可通过适量补水和物理降温处理。长期来看，扁桃体作为次级免疫器官的功能可由咽部其他淋巴组织代偿，但婴幼儿时期切除可能增加呼吸道感染概率，需加强日常防护。
术后应保持口腔清洁，使用生理盐水漱口但避免大力漱口。饮食从流质逐渐过渡到软食，避免过热、过硬或刺激性食物。恢复期间出现持续高热、大量出血或呼吸困难需立即就医。日常建议加强体育锻炼，保证充足睡眠，流感季节前接种疫苗，这些措施有助于弥补扁桃体缺失的局部免疫作用。术后三个月内避免剧烈运动和重体力劳动，定期复查评估咽部恢复情况。
