电子肠镜检查过程中可能会有轻微不适，但多数患者可以耐受。检查时的感受因人而异，主要与个人耐受度、肠道准备情况、医生操作技术等因素有关。
检查前规范的肠道准备能减少不适感。医生会要求患者在检查前1-3天进食无渣流质饮食，并按医嘱服用清肠药物。肠道清洁度越高，检查时器械通过越顺畅，可降低腹胀或牵拉感。检查过程中会通过静脉注射短效镇静药物帮助放松，部分医疗单位还提供无痛肠镜选项，采用全身麻醉使患者在睡眠中完成检查。操作时肠镜通过直肠进入结肠，注气扩张肠腔可能产生腹胀或便意，但医生会通过调整注气量和手法减轻不适。对于肠道转弯处或粘连部位，可能出现短暂牵拉痛，通常持续时间不超过数秒。
少数敏感体质或既往有腹部手术史的患者可能出现较强痛感。肠道存在严重粘连、憩室炎或肠管畸形的患者，肠镜通过困难时可能引发持续疼痛。精神高度紧张会放大不适感受，这类患者可选择无痛检查方案。儿童、老年群体或合并慢性疼痛疾病的患者对痛觉更敏感，需提前与医生沟通评估风险。检查后1-2小时腹胀会逐渐缓解，若出现持续腹痛、便血或发热需立即就医。
检查后2小时内避免进食，之后从温流质饮食逐渐过渡到正常饮食。当天避免驾驶或高空作业，24小时内禁酒。保持适量活动帮助排气，出现轻微肛门不适可温水坐浴。建议每5-10年进行一次肠镜检查，有家族史或肠道症状者应遵医嘱缩短复查间隔。
