益生菌可以辅助治疗部分肠道疾病，但无法替代药物针对病因的治疗，需根据具体疾病类型判断。益生菌主要有调节肠道微生态平衡、缓解腹泻、改善肠易激综合征、辅助治疗抗生素相关性腹泻、降低炎症性肠病发作风险等作用。
益生菌通过竞争性抑制有害菌定植，增加双歧杆菌等有益菌数量，帮助恢复因饮食失调或感染导致的菌群紊乱，适用于功能性胃肠紊乱人群。菌株如鼠李糖乳杆菌、嗜酸乳杆菌可改善腹胀症状，建议选择含活菌数超过10亿CFU的制剂。
轮状病毒或细菌性肠炎引起的急性腹泻，布拉氏酵母菌散能缩短病程。乳杆菌联合锌制剂对旅行者腹泻有预防作用，但对侵袭性病原体感染仍需抗生素治疗。治疗期间需同时补液防止脱水。
特定双歧杆菌菌株可降低肠道敏感性，减轻腹痛和排便异常。临床证据显示婴儿双歧杆菌35624对腹泻型肠易激综合征有效，疗程需持续8周以上。需配合低FODMAP饮食加强效果。
艰难梭菌感染高风险患者使用布拉氏酵母菌，能降低抗生素导致的伪膜性肠炎发生率。需与抗生素间隔2小时服用，避免活菌被灭活。严重病例仍需万古霉素等靶向药物治疗。
溃疡性结肠炎缓解期使用大肠杆菌Nissle1917，效果与美沙拉嗪相当。但克罗恩病急性发作期不建议单独使用，需结合免疫抑制剂。菌群移植在复发性艰难梭菌感染中效果更显著。
选择益生菌需关注菌株特异性，不同疾病对应不同菌种。治疗期间观察排便性状变化，出现持续腹痛或血便应及时就医。长期使用建议每3个月更换菌株避免耐药性，搭配膳食纤维可增强定植效果。需冷藏的活菌制剂应避光保存，冲泡水温不超过40℃。重症免疫缺陷患者使用前需医生评估风险。
