全飞秒激光手术的弊端主要包括术后干眼症、角膜生物力学改变、夜间视力下降、角膜扩张风险及眩光问题。全飞秒手术虽安全性较高，但需严格评估个体适应症。
全飞秒手术会暂时切断部分角膜神经纤维，导致泪液分泌减少，约30%患者术后3-6个月出现眼睛干涩、异物感。可通过人工泪液如玻璃酸钠滴眼液缓解，严重者需使用环孢素滴眼液。角膜神经通常需6-12个月逐步修复，期间需避免长时间用眼。
手术会改变角膜前部基质层结构，术后角膜强度降低约20%。高度近视或角膜较薄者可能发生角膜膨隆，需通过角膜地形图定期监测。术前角膜厚度不足480微米或角膜曲率异常者不建议手术。
约15%患者术后出现夜间眩光、光晕现象，尤其瞳孔直径大于6毫米者更易发生。这与角膜切削区光学区设计相关，多数患者3个月内逐渐适应，严重者可考虑使用匹罗卡品滴眼液缩小瞳孔改善症状。
极少数患者术后数年出现进行性角膜变薄和前凸，可能与术前未发现的圆锥角膜倾向有关。需通过角膜胶原交联术加固，严重者需角膜移植。术前筛查角膜地形图异常是预防关键。
术后早期常见对强光敏感现象，与角膜水肿及上皮修复相关。建议外出佩戴防紫外线太阳镜，避免驾驶时直视车灯。通常1-3个月逐渐减轻，持续性眩光需排除高阶像差问题。
术后需严格遵医嘱使用抗生素滴眼液如左氧氟沙星滴眼液预防感染，避免揉眼及游泳3个月。定期复查角膜地形图与眼压，出现视力骤降或眼痛需立即就诊。长期保持每天使用人工泪液，室内湿度建议维持在40%-60%，每日屏幕使用时间控制在6小时内。
