房间隔缺损可能自愈，但概率较低，具体与缺损大小和类型有关。小型继发孔型缺损在婴幼儿期存在闭合可能，而大型缺损或原发孔型缺损通常需要医疗干预。
小型继发孔型房间隔缺损在1岁以内有自然闭合概率，尤其缺损直径小于5毫米时，心脏组织可能随生长发育逐渐覆盖缺口。这类患儿需定期复查心脏超声，观察缺损变化情况，同时避免剧烈运动以防肺动脉高压。部分患儿在3岁前缺损可完全闭合，期间可能出现喂养困难、多汗等非特异性症状，但一般不影响正常发育。
大型缺损或原发孔型缺损自愈概率极低，未闭合的缺损会导致左右心血液混合，长期可能引发肺动脉高压、心律失常甚至心力衰竭。静脉窦型缺损因靠近上腔静脉，几乎无法自愈。此类患者可能出现活动后气促、反复呼吸道感染、生长发育迟缓等症状，需通过介入封堵术或外科修补术治疗，成年患者未及时干预可出现艾森曼格综合征等严重并发症。
建议所有房间隔缺损患者定期进行心脏专科随访，儿童每3-6个月复查超声心动图。日常生活中应避免潜水、高空飞行等可能加重心脏负担的活动，出现心悸、晕厥等症状需立即就医。孕妇合并房间隔缺损需在产科和心内科共同监护下妊娠，预防循环系统代偿失调。
