WHO将鼻咽癌分为3型：角化鳞状细胞癌;非角化鳞状细胞癌;未分化癌。1991年修订后的WHO将鼻咽癌分为2型：角化鳞状细胞癌;非角化癌(分化型;未分化型)。其间最重要的区别在于是否存在明显的角化证据。前者角化明显，多见于老年人，与EB病毒感染关系不密切。后者占鼻咽癌大多数，无明显角化，它们(尤其是未分化型)与EB病毒感染密切相关。
在非角化癌中，分化型之癌细胞境界清楚，呈多层或铺砌状排列，而未分化型之癌细胞境界不清，呈合体状，有些则呈梭形。非角化癌(尤其是未分化型)常见丰富的淋巴细胞浸润。
国内分类国内较权威的分类将鼻咽癌分为：原位癌、浸润癌两大类。而浸润癌则又包括5个亚型：微小浸润癌、鳞状细胞癌(高、中、低分化)、腺癌(高、中、低分化)、泡状核细胞癌、未分化癌。此种分类常被应用于国内病理诊断中。
常见鼻咽癌类型的组织学特征
原位癌多数发生于表面被覆上皮，少数发生于隐窝被覆上皮。多数原位癌见于柱状上皮之间(柱状型原位癌);少数位于鳞状上皮中(鳞状型原位癌)。
原位癌可累及上皮全层，也可仅累及部分上皮。鼻咽原位癌诊断主要依据细胞学的标准，其次考虑组织学特征。原位癌癌细胞在CK免疫组化染色和AB粘液染色上呈阴性或极弱阳性，以此可将原位癌与正常的、不典型增生和化生细胞相区别，后者CK及AB染色均呈阳性反应。
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