病毒性心肌炎的诊断主要为临床诊断。根据典型的前驱感染病史，以及相应的临床表现、体征，结合心电图、心肌酶学检查或是超声心动图、心脏核磁共振等检查来协助诊断。确诊则依赖心肌心内膜活检检查。在心肌酶学方面的改变会出现肌酸激酶以及同工酶的升高，在心肌炎早期出现升高；肌钙蛋白也会出现升高或是阳性，它是评价心肌损害的特异性、敏感性的指标；心电图方面的检查：急性期心电图异常改变会表现为ST-T的改变，T波平坦、双向或倒置，以及ST段水平样抬高，以及出现束支传导阻滞障碍、期前收缩，或是经常出现二联律、三联律、房室传导阻滞，以及Q-T间期延长等；第三方面，心内膜心肌活检则是心肌炎最为特异性的诊断方法。对于病毒血清学检查，则可以提示病毒感染这一方面的病因。如果满足以下三项或是以上，则可以诊断是心肌炎：第一、共存的临床症状；第二、证据表明心脏结构或功能缺陷或除外进行性局部冠脉缺血所致的心肌损伤；第三、心脏核磁共振提示局部延时对比增强，或是高T2信号表达；第四、心肌活检或病理学检查中存在炎性细胞浸润表现，或是病毒基因组信号呈阳性。
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