巧克力囊肿是属于子宫内膜异位症中最常见的一种，约占百分之50~70，我们都想寻找最好的治疗方法，实际上有没有最好的治疗方法不重要，重要的是找到最适合自己的治疗方法。
不管是药物保守治疗还是手术治疗，这两种方法大多数时候并不是单独进行的。
西医用药治疗巧克力囊肿，医生会在以下情况开药：
⊙排除了其它因素而引起的疼痛;⊙手术治疗前需要使用;⊙有生育要求，需要保留健康卵巢组织;⊙没有症状表现;
常用的药物：
1、口服避孕药通过诱发假孕起到治疗作用。
2、孕激素有醋酸甲孕酮、内美通又名三烯高诺酮等，通过抑制垂体促性腺激素的分泌，造成无周期性的低雌激素状态，还可与细胞内的孕酮和雄激素受体结合，直接对异位病灶起抗雌激素作用。也可以加用少量雌激素，以形成闭经或者假孕，从而起到治疗作用。
3、达那唑在下丘脑-垂体水平，抑制中期FSH、LH峰，降低基础水平，并直接作用于卵巢，抑制卵巢甾体生成能力，降低周围循环中的甾体水平，导致在位和异位内膜萎缩。
还可以直接抑制内膜细胞的增生。
4、GnRHa 可以导致FSH、LH的分泌下降，卵泡停止发育和闭经而起到治疗作用。
5、三苯氧胺又名他莫西酚通过抗雌激素起治疗作用。
5、米非司酮有对抗孕激素的作用，用药后造成闭经，使灶异位灶萎缩，疼痛缓解。
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