巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种特殊病理类型。一般来说，如果巧克力囊肿的直径超过2厘米，几乎不可能完全依靠药物清除。药物最多只能控制囊肿不进一步发育，或稍微缩小囊肿或缓解症状。对于病变直径大、药物治疗无明显改善的患者，应及时进行手术治疗。
1、腹部手术：是一种经典的治疗方法。根据患者的年龄、病变的大小和生育能力，进行保守手术或根治性手术。保守手术保留了子宫和正常卵巢，保留了患者的生育功能，但也留下了复发的隐患。如果去除囊肿，手术应先用粗针或电动穿刺吸引，吸收囊液，或反复用生理盐水冲洗，防止囊内容物广泛溢出，污染盆腔，导致医源性扩散种植。
2、腹腔镜手术：目前，它的应用越来越广泛，这表明它比开腹手术更有价值。随着腹腔镜设备设备的改进和操作人员技术的提高，腹腔镜不仅可以完成各种开腹手术，而且对患者干扰小，术后恢复快。手术原则与开腹手术相同。为了使腹腔镜手术易于操作，有时在手术前使用一段时间的药物亮丙瑞林或戈舍瑞林，手术前囊肿缩小，囊壁变薄，盆腔粘连减少。
3、在B超引导下穿刺注射药物：随着近年来，B超设备精度的提高和各种介入治疗的发展也在进行中。通过腹部或阴道巧克力囊肿穿刺术，提取囊液，用生理盐水反复冲洗，然后注入无水酒精或其他腐蚀剂，使囊壁细胞失去生长活性、变性、坏死和分泌功能。由于囊内壁细胞的萎缩、脱落和吸收，囊肿可以缩小，反复穿刺，甚至完全消失。
手术后，应使用一段时间的药物亮丙瑞林或戈舍瑞林，以巩固疗效。鼓励未生育的患者尽快怀孕。
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