月经血倒流种植的学说，是当前大家公认的一个重要病因，子宫内膜脱落随血液排出即为月经。如果脱落的子宫内膜随月经血逆流至输卵管，再通过输卵管流入盆腔，种植在卵巢或盆腔的腹膜表面，继续生长，并在卵巢激素的作用下，发生周期变化，就会形成子宫内膜异位症的病灶。
子宫的手术，如孕中期的剖宫取胎术、孕足月的剖宫产术中，有可能将子宫内膜细胞带到腹壁的切口处，造成伤口处的子宫内膜异位病灶。分娩时，子宫内膜细胞也可能被带到会阴的侧切伤口上，形成该部位的病变。
子宫腔内的手术，尤其是一些可以使宫腔压力增高的操作，如人工流产、输卵管的通气、通液、造影术等均有可能将子宫内膜压进盆腔。
某些先天性缺陷、后天损伤或疾病等造成生殖道梗阻，而致月经血倒流至盆腔，如无孔处女膜、阴道黏连、闭锁、宫颈的黏连闭锁等。
对月经期卫生重视不够。在经期从事过度、过强的体力活动及剧烈的体操、舞蹈等动作。
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