巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种。在服药期间患者一般月经会停止来潮，痛经的症状可以得到缓解。但药物也可以抑制异位子宫内膜的生长。其吸收过程是极其缓慢的，临床上常见绝经多年的患者巧囊仍持续存在。
而有生育要求的就要首先控制治疗后再受孕，因为穿刺会加重盆腔粘连造成不孕的诱因。该病也是一种雌激素依赖性疾病，不能盲目进补。治疗采取口服类雄性激素药，但不能长期服用，手术治标不治本。因为生长病灶的体质环境不但没有改变，反而因手术损伤了身体已经不足的元气，使得体质环境变得更加恶劣，给病灶的再次生长创造了有利的条件。
此外，中医认为该病主要与痰瘀有关，痰浊阻遏经脉，影响冲任，致使经血不调，运行不畅，胞宫失养，痰浊阻滞气机升降，影响水液代谢，痰瘀是产生的关键。
所以要慎重根据自身的状况来选择治疗。
所以，对有生育要求的年轻妇女一般采用药物治疗。若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术、内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。这样治疗巧克力囊肿，最后可以达到更好的效果，其实只要积极点去治疗，很快就会好起来的。
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