对巧克力囊肿的治疗主要有药物治疗和手术治疗，但是药物治疗一般起到的效果不尽人意，但是如果对小于8cm的巧克力囊肿进行药物治疗的话，是可以缩小囊肿至完全消失;而对于较大的则以手术治疗为先，以防其因身体运动引起缔结扭转或破裂。
另外，口服避孕药对于预防巧克力囊肿的复发有一定效果。但不能长期服用，有一定的副作用。
对于卵巢巧克力囊肿的患者来说，日常生活中注意做好一些相关的护理，对病情是有一定的益处的。
1、养成日常运动的好习惯有助于卵巢巧克力囊肿的治疗。
2、避免高度紧张及精神刺激，保持乐观情绪及充足睡眠。
3、卵巢巧克力囊肿患者得病期间，减少排卵的次数，提高自身的免疫能力。
4、卵巢巧克力囊肿患者饮食宜清淡，饮食应富含足够的营养，纠正偏食及不正常的饮食习惯，不宜常食刺激性、海产品等。
5、卵巢巧克力囊肿患者适宜食物：牛奶、菠菜、山药、白菜、油菜、香菇、瘦肉、鸡蛋、鲫鱼、苹果、鸭梨、大枣、花生、黑米等。
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