这种囊肿虽然很少发生恶变，但由于它可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，同样是非常危险的，而且还可能会导致女性不孕不育，所以一定要积极配合治疗，病原体致病除环境条件外，同人体的抵抗力有关，免疫功能正常的机体，入侵的病原体可被消灭，而不出现病状，由此可见，巧克力囊肿不具备传染性，不会传染!
可采用药物或(和)手术治疗(保守性或根治性)。
迄今为止，除根治性手术外，尚无一种理想的根治方法。无论是药物治疗抑或保守性乎术均有相当高的复发率。因此，应根据患者年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求等加以选择，强调个体化治疗。
腹腔镜手术是本病最佳处理方法。目前认为以腹腔镜确诊、手术+药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。
巧克力囊肿是不会传染的，但同样要注意积极治疗，因为这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。
可采用药物或(和)手术治疗(保守性或根治性)。迄今为止，除根治性手术外，尚无一种理想的根治方法。无论是药物治疗抑或保守性乎术均有相当高的复发率。因此，应根据患者年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求等加以选择，强调个体化治疗。
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