卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，通常是不会影响患者寿命的，但因其容易发生破裂而且复发率非常高，会反复严重影响患者的日常生活，所以一定要选择正确的治疗方式。
如果有条件，通过腹腔镜完成上述操作则更为理想，尤其是对年轻未生育的患者。
一般而言，如果巧克力囊肿的直径超过2厘米，完全依靠药物清除几乎已属不可能。药物最多仅能控制囊肿不进一步发展，或稍微缩小囊肿或缓解症状。因此，对于病灶直径较大，药物治疗无明显好转者，应及时进行手术治疗。
保守性手术保留了子宫及正常的卵巢，为患者保留了生育功能，但同时也留下了复发的隐患。如果行囊肿剔除，手术中应该先以粗针或电动穿刺吸引，吸尽囊内液，或者反复用生理盐水冲洗，以防止囊内容物广泛外溢污染盆腔而引起医源性的扩散种植，待囊内液基本吸尽，囊壁缩小后再行剔除。
随着腹腔镜设备和器械的改进、操作人员技术的提高，将来腹腔镜有可能完成现在开腹手术的各种操作，而且对患者的干扰小，术后恢复快。手术原则与开腹手术相同。为了使腹腔镜手术便于操作，有时也在术前用一段时间的药物(国外多推荐使用3个月的戈舍瑞林)，使囊肿缩小，囊壁变薄、盆腔粘连减轻后再行手术。
近年来也开展了在B超引导下，经腹部或经阴道行巧克力囊肿穿刺术，抽出其中的囊液，并用生理盐水反复冲洗，然后注入无水酒精或其它腐蚀剂，使囊壁细胞生长活性丧失、变性、坏死，失去分泌功能。由于囊内壁细胞萎缩、脱落和吸收，囊肿可以缩小，反复穿刺注药，甚至可使囊肿完全消失。北京协和医院采用了这种技术治疗卵巢巧克力囊肿，效果良好。
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