益生菌是一种调节肠道菌群的药物，所以当出现肠道菌群紊乱时就可以吃益生菌，如腹泻和长期使用抗生素类药物的人群，均可通过吃益生菌来调整肠道菌群。
当患者因消化不良或其他各种因素而出现腹泻时，可以在医生指导下服用益生菌对肠道菌群进行调节，改善腹泻症状。部分患者因某些疾病需要长期使用抗生素类药物，会破坏体内正常菌群，包括肠道益生菌，可以通过服用益生菌帮助肠道菌群重建。
正常人肠道中本身存在大量有益菌群，如乳酸杆菌、酵母菌等，能促进肠道蠕动，刺激肠道免疫功能，可以帮助人体分解乳糖，防止腹泻或便秘，还有助于肠道安全屏障的建立。当肠道中有益菌群失调时可能引发各种肠道病变，所以需要通过外用益生菌恢复正常肠道环境，临床上常用的益生菌有双歧杆菌四联活菌片、地衣芽孢杆菌活菌胶囊等。
