巧克力囊肿有两种治疗方法：可采用药物或手术治疗（保守性或根治性）。迄今为止，除根治性手术外，尚无一种理想的根治方法。无论是药物治疗抑或保守性乎术均有相当高的复发率。应根据患者年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求、患者的主观愿望等因素加以选择，强调个体化治疗。主张选对药物积极治疗并结合密切随访复查，注意卵巢囊肿的性质变化，再采取相应的对策。症状轻或无症状的轻微病变选用期待治疗;有生育要求的轻度患者明确诊断后先行药物治疗，病情重者行保留生育功能手术;年轻但无生育要求的重症患者可行保留卵巢功能手术，并辅以药物治疗;症状及病变均严重的无生育要求患者可行根治性手术。首先药物治疗也就是保守治疗，通常是采用性激素进行治疗，前面提到是跟随月经的周期性，故而原理就是拒"老朋友"于千里之外，通过抑制雌激素合成，使得异位的内膜出现萎缩。
如果病症不大的话，此方法还是可以试一试。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病最佳的处理方法。目前认为以腹腔镜确诊、手术+药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者巧克力囊肿用手术治疗是当前行之有效的方法，视病情等具体情况采用治疗方案。对于育龄期的女性，一旦发现巧囊后，微创手术治疗是首选，因为这不但可以消除病灶，增加受孕机会，还能减少恶变率。而绝经后的患者，宜选择根治性手术。巧克力囊肿发现后不能忽视，早点治疗，及时就医。
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