漱口水建议在刷牙后使用，能更有效辅助清洁口腔。刷牙后使用漱口水可帮助清除残留的牙菌斑和食物残渣，而刷牙前使用可能降低牙膏中氟化物的防龋效果。
刷牙后使用漱口水时，牙膏中的有效成分已附着在牙齿表面形成保护层，此时漱口水能进一步冲洗口腔死角，增强抑菌效果。含氟漱口水可与牙膏协同作用，延长氟化物在口腔的停留时间，提高防龋效率。部分药用漱口水含氯己定等成分，刷牙后使用能避免与牙膏中的表面活性剂发生反应，维持杀菌效果。但需注意，漱口水不能替代刷牙，仅作为辅助清洁手段。
刷牙前使用漱口水可能冲走牙膏中的氟化物，减弱其再矿化牙釉质的作用。某些含酒精的漱口水若在刷牙前使用，可能刺激牙龈后立即刷牙加重摩擦损伤。但若需使用含过氧化氢的美白漱口水，刷牙前短暂漱口可软化牙渍，便于后续刷牙清除。特殊情况下，牙医可能根据口腔状况建议调整使用顺序。
使用漱口水时需避免吞咽，儿童应在家长监督下使用。含酒精漱口水可能引起口干或灼烧感，敏感人群可选择无酒精配方。每日使用漱口水不宜超过2-3次，过度使用可能破坏口腔菌群平衡。若出现口腔黏膜脱皮或持续不适，应停用并咨询牙医。配合牙线清洁牙缝、定期洗牙，能更全面维护口腔健康。
