鼻咽部囊肿不一定需要手术，多数情况下可保守观察，仅在特定症状或并发症出现时考虑手术干预。
体积较小且无临床症状的鼻咽部囊肿通常无须特殊处理，定期复查鼻咽镜即可。这类囊肿多为潴留性囊肿或先天性发育异常，生长缓慢且极少恶变。若伴随轻微鼻塞或咽部异物感，可采用生理盐水鼻腔冲洗缓解症状，配合鼻用糖皮质激素喷雾如布地奈德鼻喷雾剂控制局部水肿。日常避免用力擤鼻、减少烟酒刺激有助于延缓囊肿进展。
当囊肿直径超过3厘米或引发持续性鼻塞、睡眠呼吸暂停、反复鼻窦炎时需手术切除。经鼻内镜囊肿揭盖术是主流术式，通过微创方式开放囊腔引流。若囊肿压迫咽鼓管导致分泌性中耳炎，可能需同期行鼓膜置管术。术后需定期清理术腔伪膜，使用桉柠蒎肠溶软胶囊促进黏液排出，预防复发。
确诊鼻咽部囊肿后应每6-12个月复查鼻咽镜，监测囊肿变化。出现听力下降、鼻腔脓性分泌物增多等感染征象时及时就诊。日常保持鼻腔湿润，空气干燥时可使用生理性海水鼻腔喷雾，避免接触粉尘及化学刺激物。饮食宜清淡，减少辛辣食物摄入以降低黏膜充血风险。
