ERCP和胃镜的难受程度因人而异，通常ERCP的不适感更明显。ERCP需经咽喉插入导管至胆胰管，可能引发较强咽喉反射和腹胀；胃镜主要造成咽喉部短暂异物感，多数患者可耐受。
ERCP检查过程中需在X线引导下操作，导管通过十二指肠乳头时可能刺激胆胰管，部分患者会出现中上腹持续胀痛或牵涉痛。检查后因造影剂和空气残留，腹胀、恶心症状可能持续数小时。胃镜检查的疼痛评分相对较低，主要不适集中在镜体通过咽部时的呕吐反射，但操作时间较短且无辐射暴露。两种检查均需空腹准备，咽喉麻醉可减轻插管不适。
胃镜采用局部麻醉即可完成，术后恢复较快，1-2小时后可进食流质。ERCP常需静脉镇静，术后需监测胰腺炎、出血等并发症，恢复期需禁食6-8小时。对咽喉敏感者，胃镜可选择经鼻细径镜减轻刺激；ERCP则无法避免导管对消化道的机械刺激。
两种检查前均需签署知情同意书，告知医生过敏史和用药情况。检查后出现持续腹痛、呕血或发热需立即就医。根据病情需要选择检查方式，恐惧感强烈的患者可提前与医生沟通镇静方案。
