飞秒近视手术通常安全性较高，但也存在出现副作用的可能。飞秒激光手术通过精准切削角膜改变屈光度，并发症概率较低，但角膜生物力学的改变可能引发干眼、眩光、视觉质量下降等问题。
术后早期常见暂时性干眼症状，与术中神经纤维损伤影响泪液分泌有关，多数患者使用人工泪液3-6个月可缓解。部分患者夜间出现眩光或光晕现象，尤其暗瞳直径较大者更明显，通常半年内逐渐适应。极少数案例发生角膜瓣移位或感染，与术中操作及术后护理不当相关，需及时就医处理。
术后角膜形态改变可能影响视觉质量，出现视物模糊或重影，多数在1-3个月随角膜愈合改善。高度近视患者角膜较薄者术后稳定性相对较差，存在回退风险。长期随访数据显示，角膜扩张等严重并发症发生率低于千分之一，规范术前筛查可有效规避风险。
术后需严格遵医嘱使用抗生素滴眼液预防感染，避免揉眼及游泳等可能损伤角膜的活动。定期复查角膜地形图与眼压，出现持续眼痛、视力骤降等症状需立即就诊。保持良好的用眼习惯，避免过度疲劳，有助于维持手术效果并减少并发症发生。饮食上适当补充维生素A、Omega-3等营养素可促进眼表修复。
