需要做磁共振的疾病主要有脑部疾病、脊髓疾病、关节疾病、腹部疾病以及软组织疾病。磁共振成像对软组织结构有极高的分辨率，能清晰显示X光或CT难以发现的病变。
脑部疾病是磁共振最常见的应用领域。对于急性脑梗死，磁共振弥散加权成像能在发病后数小时内就发现缺血灶，比CT敏感得多。脑肿瘤如胶质瘤、脑膜瘤，磁共振增强扫描可以明确肿瘤边界、侵犯范围以及有无脑水肿。对于脱髓鞘疾病如多发性硬化，磁共振平扫加增强能显示脑白质内典型的斑块状病灶。脊髓疾病方面，磁共振是诊断脊髓空洞症、脊髓肿瘤、椎间盘突出压迫脊髓的首选方法。它能直接显示脊髓的形态、信号改变以及周围结构，比如颈椎间盘突出导致脊髓受压变细，这些在X光片上是看不到的。关节疾病中，膝关节半月板撕裂、交叉韧带损伤、肩袖损伤、股骨头早期坏死等，磁共振是金标准。它能清晰显示关节软骨、半月板、韧带、滑膜等软组织结构，而CT对这些结构的显示效果较差。腹部疾病方面，磁共振用于肝脏的局灶性病变如血管瘤、肝癌、转移瘤的定性诊断，胆道系统疾病如胆管结石、胆管癌，胰腺疾病如胰腺癌、自身免疫性胰腺炎。磁共振胰胆管成像可以无创地显示整个胆道系统，替代部分内镜逆行胰胆管造影检查。软组织疾病包括肌肉、肌腱、血管的病变，比如肌肉撕裂、肌腱炎、血管畸形、软组织肿瘤。磁共振能区分肿瘤的囊实性、有无出血坏死，并判断肿瘤与周围重要血管、神经的关系。
接受磁共振检查时，需取下所有金属物品，包括手机、钥匙、硬币、发卡、假牙、助听器、含有金属成分的衣物等。体内有心脏起搏器、动脉瘤夹、金属支架、金属节育环等植入物的患者，需提前告知医生，评估能否进行检查。检查过程中要保持静止，避免移动导致图像模糊。磁共振检查时间较长，单部位通常需要15到30分钟，请提前做好心理准备。检查时会有较大噪音，可佩戴耳塞或耳机。如有幽闭恐惧症，可提前与医生沟通，必要时使用镇静药物。检查后无特殊不适即可正常活动，增强扫描后建议多喝水，帮助造影剂排出。
