肝穿刺活体组织检查的诊断价值远远高于血液生化及影像学检查，是确诊脂肪肝、判断脂肪性肝炎、肝纤维化的惟一方法。通过肝穿刺检查可以明确脂肪肝的程度、病理类型，是否合并脂肪性肝炎及肝纤维化等问题，同时也是提示脂肪肝原因及预后的方式。
特别是判断肝脏部位的情况究竟是占位性病变，还是脂肪肝时，仍需通过肝脏穿刺活体组织检查，来判断是不是肝脏部位出现了恶性肿瘤。
不过，由于肝穿刺活体组织检查是有创伤性的检查，很多人是难以接受的，所以并非所有的脂肪肝患者都必须进行。一般情况下，只有六种情况才需进行肝穿刺活体组织检查。首先是需要确认局灶性脂肪肝与肝部肿瘤时，其次是肝部胆固醇酯储积病、糖原储积病等少见疾病，然后是无症状性可疑非酒精性脂肪肝，再次是肥胖者体重减少10%后肝酶学检查仍持续异常者，随后是戒酒后血清醛固酮有不能解释的临床或生化异常表现，最后是怀疑有多种病因导致的肝细胞脂肪病变者。
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