一般提到肌肉萎缩的病因，大家都会往神经系统病变上想，这是正确的。但很多时候肌肉萎缩的病因还与肌肉本身病变有关，简单地对神经系统的恢复治疗是无法根治这种肌肉萎缩的。
肌源性疾病：大部分肌源性肌萎缩对称性分布于四肢近端，可缓慢进展，也可呈亚急性进展。各类进行性肌营养不良、多发性肌炎、皮肌炎等，都可能是肌肉萎缩的病因。有些肌源性疾病，肌肉无力程度与肌肉萎缩并不一致，如多发性肌炎、周期性麻痹
废用性肌萎缩：石膏固定、骨关节病变、长期卧床可能使肌肉萎缩的病因，至少在制动20天以上才可发生，萎缩程度轻重不等，膝关节病变引起的肌萎缩周径缩小可达4cm;分布在制动的肌肉或病变关节邻近的肌肉，引起肌肉萎缩的病因一旦解除，并加强功能锻炼，肌容积可恢复。
肌源性萎缩呈对称性近端分布，肌束颤少见;废用性肌萎缩呈局限性，多有明显诱发肌肉萎缩的病因。对肌肉萎缩的病因分析，是后续治疗的必要步骤。错误的分析会导致疾病的延误，对患者病情的控制极为不利的。
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