西医治疗生殖器疱疹主要是应用抗病毒治疗，通过抗病毒治疗可使大多数患者的症状能够得到缓解。抗病毒药物包括苷类药物，如无环岛苷、代昔洛韦、泛昔洛韦和喷昔洛韦等。
下面简单介绍一下临床上的常见药物。
1、阿昔洛韦
阿昔洛韦对单纯疱疹病毒具有高度的特异性，阿昔洛韦能够透过胎盘，但是不会在胎儿体内聚集，却可在母乳中聚集。
2、伐昔洛韦
伐昔洛韦是阿昔洛韦的前体药物，与阿昔洛韦的药效学、药动学和耐受性很相似，口服吸收好，生物利用度高于阿昔洛韦，比阿昔洛韦更安全、方便。
3、泛昔洛韦
泛昔洛韦是喷昔洛韦的前体药物，泛昔洛韦口服生物利用度高达77%，抗单纯疱疹病毒活性是阿昔洛韦的10倍，起效快，服用方便。
4、更昔洛韦
更昔洛韦的作用较阿昔洛韦强大概50倍，体内活化速度是阿昔洛韦的5倍以上，但是口服吸收较差，一般选用静脉给药。
5、辅助治疗
除了抗病毒治疗外，还有一些调节机体免疫功能的药物作为生殖器疱疹的辅助抗病毒治疗，比如干扰素、白介素和咪喹莫特等。
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