（一）肉眼观察：疾病早期肌组织可无明显改变，晚期肌组织萎缩，体积变小，色淡，质地变硬。
（二）光镜下观察：肌纤维改变不明显或有不同程度的变性、坏死、萎缩。萎缩的形式既可有肌原性（弥漫性）萎缩也可有失神经样簇性萎缩，其特征性的改变是肌纤维间和纤维内有局灶性，多少不等的淋巴细胞浸润，称淋巴溢，这也正是自身免疫病的一种反应。
（三）电镜观察：神经肌肉接头处突触间隙加宽，突触后膜皱褶稀少变浅，终板缩小，神经末端有芽生现象，用免疫染色法还可发现突触膜上有与受体结合的免疫复合物沉积。
（四）胸腺的观察：重症肌无力患者10%～20%有胸腺瘤发生，70%伴有胸腺增生，因而重症肌无力患者胸腺有改变者占90%。胸腺的病理改变显示胸腺瘤一般有包膜，瘤细胞有两种成分，一种为上皮样细胞，一种为淋巴样细胞。如为胸腺增生，在胸腺可观察到特殊性生发中心。
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