除甲疗法是治疗灰指甲较为常用的方法，通常是采用外科手段或者其他化学方式去除患病的指（趾）甲。以前单靠拔甲治疗灰指甲失败率比较高，所以，后来拔甲疗法变成了一种辅助治疗方法，通常拔甲后联合一些抗真菌药物治疗收效会更加明显。常见的拔甲疗法有外科除甲疗法和化学溶甲疗法。
1.外科除甲疗法
外科拔甲这种方法由于复发率较高，且忽视了携带真菌的甲床，在表面坏死的病甲被拔除之后，往往长出的新甲还会受到未清除的真菌感染，外科除甲关键是要保证手术中不出血，彻底清除感染的病甲组织，但是该方法疼痛明显，且伤口愈合不好，所以50年代之后就较为少用了。外科除甲除了直接拔除病甲的方法之外，还可以采用其他的方法进行治疗，例如扎孔疗法及二氧化碳激光疗法，都可以达到治疗的目的。
2.化学溶甲疗法
化学溶甲法顾名思义就是采用化学药剂将病甲去除的方法，是除甲疗法中最为简单的方法。
与其它外科除甲的方法相比，化学溶甲最大的优点就是无创伤，无痛苦，而且并发症发生率低，治疗时间缩短，长新甲的过程也不影响患者的生活，关键是费用少易操作，容易被广大患者所接受。但是化学溶甲也存在一定的缺点，就是甲沟中的甲屑不容易被去除，这需要患者主动配合专业医生进行治疗。
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