根据灰指甲的发病机制，可以将其分为原发性甲真菌病和继发性甲真菌病。原发性甲真菌病是真菌侵犯正常甲板，进一步感染形成灰指甲，而继发性灰指甲则是指在原有的甲病基础之上继发感染，引起其他的疾病。
通常皮肤癣菌的甲感染属于原发性甲真菌病，但有时候也可见于甲分离症之后，其它真菌如土曲霉、支顶孢霉、镰刀霉、头孢子霉、链格孢霉等均为继发感染的致病菌，在甲的原发病痊愈时，甲真菌病亦可痊愈。
但是有一些真菌既可以引起原发感染，又可以引起继发感染，如短帚霉、Brumptii帚霉、柱顶孢霉。
关于白色念珠菌的致病性，有外国研究者认为，念珠菌侵犯甲板与某些甲板的分离有关。体外实验已经证实这一点，白色念珠菌可以入侵甲板，其它念珠菌种尚无可裂解角蛋白的报道。白色念珠菌甲感染经单纯口服抗真菌药物可以治愈，提示可能部分甲营养不良的病例是由念珠菌感染引起的。念珠菌不但可以引起慢性粘膜皮肤念珠菌病或甲沟炎，而且还是原发性甲床分离症的重要致病菌，特别在有外周血管疾病或柯兴综合征是更为突出。
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