生殖器疱疹的诊断主要根据病史、典型的临床表现和实验室检查结果进行综合判断，病史包括患者的年龄、性别、职业、是否结婚、是否生育等情况，重点要询问性接触史和配偶感染史，临床表现包括皮损部位和皮损特点，一般男性生殖器疱疹多见于包皮、龟头、冠状沟和阴茎等处，女性生殖器疱疹多见于大小阴唇、阴阜、阴蒂、子宫等处。
生殖器疱疹的实验室检查方法主要有以下4种：
1、细胞学检查
细胞学检查是指从生殖器疱疹患者疱底或溃疡面刮取少量组织作涂片染色，检测出感染具特征性的多核巨细胞内的嗜酸性包涵体，帮助检测诊断生殖器疱疹的多种形态。
2、细胞培养法
细胞培养法是从疱底取材做组织培养分离病毒，是目前诊断生殖器疱疹最敏感、最特异的方法，但细胞培养对技术和设备条件要求高，价格昂贵，尚未普遍推广使用。
3、抗原检测法
抗原检测法敏感性和特异性都较高，能大大提高生殖器疱疹，尤其是已发生溃疡的患者中生殖器疱疹确诊的能力，但是该诊断方法费用昂贵，操作技术要求高，临床上诊断很少使用。
4、抗体检测法
用其他抗原检测生殖器疱疹抗体，具有敏感性高的优点，并且可以有效区分l型和2型生殖器疱疹。
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