甲真菌病的诊断主要依赖于甲屑的直接镜检和培养。
真菌学检查
收集足够的标本是关键，远端甲下型可用刮匙、牙科刮铲及甲起子取甲下碎屑；近端甲下型可用甲钻或解剖刀，白色浅表型可用刮匙，刮取病变区和正常区交界部位靠近甲床的甲屑，加10%氢氧化钾（KOH）直接镜检。见到分支菌丝即可支持诊断。需要注意的是，青霉、曲霉、头孢、镰孢，壳蠕孢和白念珠菌等可形成菌丝与假菌丝而与皮肤癣混淆。
沙堡琼脂培养应采用两管法（其一不含放线菌酮），培养6～8周。
组织病理学
病甲角质增厚，疏检，角质细胞呈网篮状排列，并有不同程度的破坏，可见裂隙、空腔。甲板内如见细长规则菌丝或关节菌丝，提示为皮肤癣菌，其菌丝多横行生长，少数斜行或纵行生长，有的检出圆形或椭圆形的小细胞，聚集成团，可见芽生孢子、假菌丝及厚壁孢子，提示为酵母菌。这些菌细胞多位于甲板内层，少数见于甲板外层或中层；甲板中若出现不规则的粗大菌丝，有叶状结构，色泽不均匀，部分呈褐色或黑褐色，生长紊乱，则提示为非皮肤癣菌性真菌。
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