灰指甲的诊断一般可以从以下几方面入手：
病史
本病多见于成人。患者多同时患有手足癣、体癣、股癣等。侵犯指趾甲，但常呈不对称表现。一般缺乏自觉症状。疾病性质顽固，不经正确治疗常致终身不愈。根据甲板的形状、质地和颜色改变一般可以做出判断。
若患者同时患有手足癣则高度提示为本病。
体征
甲下型皮损常自甲板两侧或末端开始，多先有轻度甲沟炎发生，之后逐渐侵犯甲板而发生沟纹、凹点、混浊、增厚、脆裂、变形等，颜色呈灰白或污秽褐色。
浅表型初起甲板表面发生小点状混浊区，之后逐渐扩大增多，而成不规则的云片状混浊，常局限一处，亦可波及全甲，但常有对称分布。临床也可见到小点混浊区常年不发展者。
真菌检查
刮取甲板病变稍靠后的角质屑，用氢氧化钾透明处理后于镜下观察。镜下可见菌丝，关节孢子或酵母样细胞。
真菌直接镜检的阳性率可达50﹪~70﹪。
按上述方法刮取甲屑后，也可以置于沙氏琼脂培养基上，置于25~28℃的孵箱中培养。若有真菌生长，确定为皮肤癣菌，则应视为致病菌，有诊断意义。若培养为酵母菌则应结合直接镜检结果来判断，多难以确定为致病菌。培养4周无菌生长应判为阴性。真菌培养的阳性率较低。
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