临床研究发现，有些人接种乙肝疫苗后血液中没有产生乙肝表面抗体，或抗体低于10MIU/ML。这就不能对接种者提供保护，防止感染到乙肝病毒。导致乙肝疫苗无效的原因主要有以下3方面：
1.乙肝疫苗储存不当
注射乙肝疫苗后没有效果的主要原因就是疫苗的保存不当，导致在注射之前就已经失效。乙肝疫苗的最佳贮运温度为2℃～10℃。一般而言，乙肝疫苗具有良好的热稳定性，而一旦冻结，佐剂胶体完全被破坏，疫苗也随之失效。
因此，乙肝疫苗应该保存在合适的温度条件下，随取随用，绝对禁止一次取多只乙肝疫苗，然后随意放置在室温条件下。
2.机体免疫因素影响
乙肝疫苗接种后是否产生乙肝表面抗体，与机体本身的免疫功能关系密切，患有免疫缺陷疾病的接种者，长期使用免疫抑制剂，还有一些肿瘤患者，糖尿病患者，接种乙肝疫苗后机体对疫苗接种的抗体应答会降低。值得注意的是，不良的生活习惯也会影响免疫效果，例如每天吸烟超过5支者，疫苗接种后乙肝表面抗体比不吸烟者低，有酗酒习惯的人也是如此。
此外，不同年龄、体重的接种者对乙肝疫苗的免疫应答也有区别。
3.没有选择好的注射部位
乙肝疫苗接种在上臂三角肌效果最好，其它部位的接种效果则较差，这是因为除上臂三角肌外，其他部位的脂肪较厚，而乙肝疫苗接种后一般仅在脂肪层中缓慢进入血循环，从而影响了疫苗对体内免疫细胞的刺激。
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