精神分裂症患者初次发病后应用药物治疗常可以获得很好的治疗效果，精神症状可以获得较好控制，但之后的病程每个患者都可能表现的不同。
部分患者疾病痊愈，部分患者病程反复，部分患者病情逐渐加重。
在初次发病缓解后，约有1/3的患者可以痊愈，不再有任何精神症状，停用抗精神病药物后，也没有精神症状再发。虽然这部分痊愈的患者没有了精神症状，但精神分裂症发病的过程会深刻影响患者的正常生活和体验，因此患者在病愈后可能会出现对事物的感受与得病前发生变化。
一些患者病程呈反复发作性，发作期与间歇期长短不同，复发的次数也不尽相同，复发与社会心理因素相关，发作和中止之间界限不明显。这些患者在病程反复发作后，可出现人格改变和社会功能下降，临床上呈现为不同程度的残疾状态。残疾状态较轻时，患者还可以保留一定的社会适应能力和工作能力，严重者则完全丧失这些能力。
另有一小部分精神分裂症患者病程为渐进性发展，精神症状可反复发作，间断减轻，但病情在间断缓解中逐渐加重，这类病人预后不佳。
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