系统性红斑狼疮的病情轻重缓急变化较大，应根据不同情况制定个体化的方案，其治疗原则为处于活动期且病情重者，给予强有力的药物控制，病情缓解后，则改为维持治疗。
1、轻型系统性红斑狼疮的治疗
此类患者症状轻微，无重要脏器的损害，患者以关节肌肉痛为主可采用非甾体抗炎药如双氯芬酸；以皮疹为主可用抗疟药如氯喹等。
2、重型系统性红斑狼疮的治疗
此类患者病情较严重，可采取糖皮质激素、细胞毒药物如环磷酰胺和硫唑嘌呤、环孢素、丙种球蛋白以及雷公藤总苷等等。
3、急性暴发性危重系统性红斑狼疮的治疗
此期多有各个系统的危重损害，应根据患者的具体情况对症治疗，如狼疮脑病癫痫发作者、急性肾功能衰竭、狼疮心肌损害者除应用甲泼尼龙冲击疗法和环磷酰胺冲击疗法治疗外，还可进行相应的对症治疗（如狼疮癫痫可应用卡马西平等抗癫痫药）。
4、缓解期的治疗
此期患者应开始有计划的按照个人实际情况减少糖皮质激素的用量，同时还要注意不适随诊，以巩固已取得的疗效，防止病情复燃。
除以上治疗外，还包括稳定期的治疗以及妊娠期的治疗等等。
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