肝癌检查中常会进行甲胎蛋白的检测，除此之外也会进行γ-谷氨酰转肽酶及凝血酶原等物的检查，这些标志物的含量变化往往提示肝癌的发生与否。
1.甲胎蛋白：甲胎蛋白是最常用的肝癌的诊断标志物。甲胎蛋白是胎儿时期肝脏合成的一种胚胎蛋白，出生后消除，但当肝细胞恶变后肝脏又可重新获得这一功能，正常人血清中可测出微量，小于20μg/L水平。
肝癌患者中甲胎蛋白升高者占60%~70%，通常血清中甲胎蛋白于肿瘤大小有关，但个体差异较大，孕妇、新生儿及睾丸或卵巢的生殖腺胚胎癌患者亦可出现甲胎蛋白升高。
2.γ-谷氨酰转肽酶：γ-谷氨酰转肽酶在肝癌发生时也升高，但特异性比较低，肝炎、肝硬化、胆道疾病患者的γ-谷氨酰转肽酶也会升高，因此，对诊断肝癌的价值不大，但是，γ-谷氨酰转肽酶是一组同工酶组成的，所谓同工酶指生物体内催化相同反应而分子结构不同的酶，如果用生物化学的方法，将这些同工酶分离，就可以发现其中的同工酶Ⅱ，其诊断肝癌的价值大，敏感性和特异性都比较高。
3.凝血酶原：正常肝细胞能够合成凝血酶原，它是重要的凝血因子，肝癌细胞合成凝血酶原的功能发生障碍，会产生一种异常的凝血酶原，这种异常的凝血酶原在分子结构和功能不同于正常凝血酶原，通过生物化学的方法能够检测出来，可用于肝癌的诊断。
4.其他肝癌标志物：其他的肝癌标志物还包括血清岩藻糖苷酶、酸性铁蛋白等，这些物质对肝癌诊断也有一定的敏感性和特异性，可做参考之用。
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