引起肌肉萎缩的原因较多，其大致可以分为如下几类：
中枢神经系统病变
大脑半球顶叶病变，先天性运动区发育不全，大脑肿瘤、炎症、脑血管疾病后可出现病变对侧肌肉萎缩及肌肉力弱，这被称为偏瘫性肌肉萎缩。
脊髓前角细胞及脑干脑神经运动核病变
肌肉萎缩在早期按神经节段分布，累及单侧或双侧，远端肌肉萎缩明显，并伴有肌肉束颤，这见于肌萎缩侧索硬化、进行性脊髓型肌萎缩、脊髓空洞、脊髓前角灰质炎等疾病。
周围神经病变
各种原因如变性、脱鞘、外伤、炎症、中毒、肿瘤、代谢、遗传等均可引起周围神经病变，肌肉萎缩按神经根段或神经干分布，萎缩范围与神经的解剖支配以致，并伴有感觉障碍
神经-肌肉接头疾病
此类疾病发生肌萎缩的较少见，如出现时，肌肉萎缩分布一般无规律，重症肌无力时，多分布在上肢近端、前臂、面肌、咀嚼肌等，舌肌三条梨状纵沟型萎缩也为肌无力所致。
肌源性疾病
大部分肌源性肌萎缩对称性分布于四肢近端，缓慢进展，见于各类进行性肌营养不良、多发性肌炎、皮肌炎有些肌源性疾病肌无力程度与肌萎缩并不一致，如多发性肌炎。
失用性肌萎缩
肢体制动20天以上可发生不同程度的肌肉萎缩，分布在制动肌肉及关节邻近的肌肉。原因一旦解除，加强锻炼后可恢复，一般见于石膏固定、骨关节病变、长期卧床等情况。
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