阴茎海绵体内注射试验是诊断阳痿的一种手段，同时也是一种治疗阳痿的安全方法，但有时也可能会出现一些并发症。
淤血或血肿
常有注射针头过粗或针头拔出后压迫不充分所致，表现为局部皮肤的青紫，严重者可导致阴茎肿大。
不严重者多可自行吸收，超过24小时未消退者可用热毛巾外敷，对淤血较多，吸收困难者可行穿刺抽吸后加压包扎。另外，对于有凝血功能障碍如血小板减少性紫癜、血友病等患者应禁止行阴茎海绵体内注射试验。
疼痛
如无血肿形成，注射局部的疼痛常与注射用的血管活性药物种类有关，罂粟碱和酚妥拉明的疼痛发生率较少，前列腺E1的发生率相对较高，因为前列腺素本身就是一种“致痛物质”。
阴茎包皮水肿
该并发症的发生常与操作技术不熟练有关，药液未能注入海绵体内而淤积在阴茎皮下所致。
一般不会引起严重的后果，各别患者也有可能发生阴茎溃疡操作时强调垂直进针和注射时的“突破感”很重要，这能确保药液注入海绵体内。
阴茎硬结症
多为阴茎海绵体内注射试验的远期并发症，多发生于反复注射者，发生机制尚不完全清楚，阴茎局部的反复机械性损伤可能是重要原因之一。
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