许多血液系统疾病的临床表现和外周血液表现与再生障碍性贫血相似，在诊断时需要对与再生障碍性贫血相似的疾病进行鉴别，在除外了其他疾病引起的血细胞减少后才能作出再生障碍性贫血的诊断。
先天性骨髓造血衰竭是一组少见的家族遗传性疾病，临床特点表现为先天性躯体畸形、骨髓造血衰竭、肿瘤高发，外周血检查及骨髓检查可以发现外周血全血细胞减少、骨髓造血细胞增生减低。获得性再生障碍性贫血患者与先天性骨髓造血衰竭表现相似，特别是出生或幼年时即发病的患者，二者都可以出现一系或多系血细胞进行性减少。
通过仔细地进行病史询问、体格检查和实验室检查，再生障碍性贫血不难与先天性骨髓造血衰竭进行鉴别。
先天性骨髓造血衰竭且伴有躯体发育畸形的患者不容易漏诊，但仍有部分先天性骨髓造血衰竭患者无躯体畸形，容易漏诊和误诊。获得性再障与先天性造血衰竭预后、治疗策略和治疗方均不同，二者的鉴别有时却异常困难。因此所有年轻成人和儿童再生障碍性贫血患者都需要常规进行遗传性检查，以除外先天性骨髓造血衰竭。
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