使用抗甲状腺药物治疗甲亢后，应对治疗效果定期进行评价，判断疗效主要根据患者甲状腺肿大程度、甲亢类型、症状控制、甲状腺功能以及免疫指标等情况，并可同时对长期疗效进行预测判断。
甲状腺肿大程度是判断药物疗效的重要指标，甲状腺小或在治疗后甲状腺明显缩小者长期缓解的可能性大;而甲状腺肿大越显著或经治疗后甲状腺肿缩小不明显者则复发的可能性大。甲亢患者在药物发挥疗效后，症状即可明显改善，较小量的抗甲状腺药即可以控制症状者，长期缓解的可能性大。
甲亢类型决定着患者病情，也影响药物治疗的效果。毒性弥漫性甲状腺肿(Graves病)及T3型甲亢疗效相对较好，长期缓解的可能性大;毒性结节性甲状腺肿疗效相对较差，复发的可能性大。
甲亢症状控制后各项甲状腺功能试验结果始终正常者，长期缓解的可能性大。毒性弥漫性甲状腺肿患者的TSH受体抗体在血中测得的时间较短，各项甲状腺自身免疫指标恢复阴性者，则复发的可能性小。
抗甲状腺药物治疗1年后，停药做甲状腺片抑制试验，吸131I率在15%～35%者可停药观察，其中约80%患者可以维持缓解。TSH对TRH有兴奋性反应者，长期缓解的可能性大。
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