甲状腺功能障碍可引起雌激素代谢障碍、卵泡刺激激素及黄体生成素分泌异常，患者主要表现为明显的卵巢机能不全而很少妊娠，甲状腺功能障碍导致女性不孕的原因如下：
卵巢功能异常
临床研究表明，甲状腺机能低下的患者促性腺激素的分泌呈脉冲式，但是基线水平较正常者高，从而影响了排卵
部分患者虽然体内雌激素水平正常，有正常的或者近似正常的月经周期，仍然存在不孕，可能因垂体促性腺激素效能降低或者存在抗卵巢作用，会造成不排卵，从而引起女性不孕
自身免疫因素
在甲状腺机能障碍伴不孕患者中，甲状腺抗体阳性者所占比例比较高，说明该类患者不孕可能与自身免疫功能异常有关。
代谢异常导致肥胖
在甲状腺机能减退的患者常因代谢功能低下而导致肥胖，从而增加了女性不孕的发病率。
甲状腺功能障碍可以影响子宫发育
动物实验研究了甲状腺机能低下的大鼠子宫结构，发现子宫内膜减少，肌层变薄、宫角体积减少，可见甲状腺功能障碍可以影响子宫发育，进而造成女性不孕
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