由于急性肾盂肾炎多由于上行感染、血行性感染引起，因此抗菌药物是治疗急性肾盂肾炎的首选，常用的抗菌药物有青霉素G、氨基青霉素类、抗铜绿假单胞菌广谱青霉素等。
青霉素G
青霉素G是细菌繁殖期的杀菌剂，大剂量青霉素G对大肠埃希杆菌、变形杆菌、产碱杆菌有效，主要由肾脏排泄，24h内60%~80%自尿中排出，尿中浓度可较血中浓度高100倍。
氨基青霉素类
氨基青霉素类为广谱抗生素，有氨苄西林、匹氨西林、阿莫西林。
其中氨苄西林对溶血性链球菌、肺炎球菌、葡萄球菌有效，对肠球菌及革兰阴性杆菌也敏感;匹氨西林能迅速水解为氨苄西林而发挥抗菌作用;阿莫西林对变形杆菌的杀菌作用比氨苄西林强。
抗铜绿假单胞菌广谱青霉素
属于这一类的抗生素有羧苄西林、磺苄西林、替卡西林、呋布西林、阿洛西林。
其中羧苄西林对铜绿假单胞菌及变形杆菌作用强;磺苄西林抗菌活性强，尿中浓度高;替卡西林主要用于治疗铜绿假单胞菌所致各种感染;呋布西林对金葡菌、链球菌、痢疾杆菌等有强大的杀菌作用;阿洛西林对多数肠科杆菌、肠球菌及铜绿假单胞菌均有较强作用。
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