对任何肾结石患者的诊断都应包括有没有结石、结石的数量、结石的部位、结石可能的成分、有无合并症及结石形成的原因。为了避免发生误诊，肾结石应与海绵肾、胆道蛔虫症、淋巴结钙化等疾病相鉴别。
1.海绵肾：海绵肾通常在患者出生时便存在，由于没有任何症状，因此患者40岁~50岁因发生结石或感染合并症才被发现。通过腹部平片可见肾脏大小正常或轻度增大，肾区内可见成簇的多发性结石。
2.胆道蛔虫症：肾结石患者出现肾绞痛时，应与胆道蛔虫病进行鉴别。胆道蛔虫症患者主要表现为剑突下阵发性“钻顶样”剧烈绞痛，其特点为发作突然，缓解亦较迅速。并常伴有恶心
呕吐，呕吐物可含胆汁甚或蛔虫。发作间歇期，疼痛可完全消失。有时疼痛可放射至右肩部或背部，可通过B超明确诊断。
3.淋巴结钙化：若位于肾区内，可误诊为肾结石淋巴结钙化为圆形颗粒状致密影，内部不均匀，且多发、散在，静脉尿路造影片加侧位片有助与肾结石区别。
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