乙肝是一种由乙型肝炎病毒(HBV)感染机体后所引起的疾病，而HBV的基因组结构和编码蛋白包括如下：
HBV基因组又称为HBVDNA,其结构独特而精密，由不完全的环状双链DNA组成，长的为负链，短的为正链。
负链含3200个碱基，正链的长度可变。HBV基因组中4个开放读码框(ORF)均位于负链，分别为S区、C区、P区、X区。
S区又分为前S1、前S2及S三个编码区，分别编码包膜上的前S1蛋白、前S2蛋白及HBsAg。前S蛋白有很强的免疫原性，HBV的嗜肝性主要由前S蛋白与肝细胞受体之间的识别和介导的。
C区又分为前C基因和C基因，编码HBeAg和HBcAg。从前C基因开始编码的蛋白质经加工后分泌到细胞外即为HBeAg;从C基因开始编码的蛋白质为HBcAg。
P区是最长的读码框架，编码一个大分子碱性多肽，分子量约为90KD，含有多种功能蛋白。
X基因编码X蛋白，即HBxAg。HBxAg具有反式激活作用，可激活HBV本身的、其他病毒的或细胞的多种调控基因，促进HBV或其他病毒(如艾滋病病毒)的复制。
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