再生障碍性贫血骨髓造血功能衰竭机制存在三个主要学说：原发性或者继发性造血干细胞量和（或）质的异常（“种子”学说）、造血微环境异常（土壤学说）以及免疫异常（虫子学说）。
但实际上，大多数观点认为再障实质上是不同病因综合引发的造血调控失衡的结果。
目前比较公认的和后天获得性再障有关的危险因素包括药物及化学物质、电离辐射、病毒感染等。
1、多种电离照射
x射线、r射线、放射性同位素进入细胞，影响具有重要生物作用的大分子，破坏DNA和蛋白质，所有的细胞都可能被电离辐射破坏。其中骨髓细胞中红细胞最为敏感，其次是粒细胞，再次为巨核细胞系。
2、病毒感染
各种类型的肝炎病毒，EB病毒，风疹病毒，带状疱疹病毒，登革热病毒，流感病毒，人类免疫缺陷病毒以及人类T淋巴细胞白血病病毒等，均有损害骨髓造血，引发生障碍性贫血或骨髓造血受抑的报道。
3、药物和化学物质
药物和化学物质是引起再障最常见的危险因素。药物诱发再障的发病率目前还难以确定。药物和药物和化学物质的关系报道最多的是氯霉素，其次是保泰松。
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