免疫抑制治疗与骨髓移植均是目前治疗再生障碍性贫血的常用方法，两者5年生存率相当，据欧洲一项针对再生障碍性贫血的大宗病例回顾性分析表明，5年生存率免疫抑制治疗为75%，而骨髓移植为77%。
如何选择合适的治疗方法对于再生障碍性贫血来说有很大困扰，骨髓移植不仅费用昂贵，移植中还可能出现严重并发症和死亡危险，特别在年龄较大者并发严重GVHD可致命，而免疫抑制治疗虽然初治费用较低，但许多患者血象达不到正常值，且有较高的复发率。
如果仅仅以年龄和中性粒细胞数作为选择免疫抑制治疗和骨髓移植的依据，一般选择原则主要包括以下几种：
1、年轻且中性粒细胞<0.4×109/L及小于10岁儿童再生障碍性贫血患者，如能成功骨髓移植，疗效比免疫抑制剂治疗好，且有治愈的可能性。
2、>40岁的再生障碍性贫血患者，选择免疫抑制剂治疗能取得较好的疗效。
3、年龄在10岁至40岁的中间年龄段患者，如果中性粒细胞<0.3×109/L，一般选择骨髓移植的疗效要好于免疫抑制治疗。
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