手术切除是临床上治疗小肝癌的首选治疗方式，也是患者获得长期生存的重要途径。据复旦大学肝癌研究所对1068例实行手术切除的小肝癌患者进行随访的结果显示，的5年生存率为62.7%，10年生存率为46.3%。
但需要注意的是,并不是所有的小肝癌患者都可以进行手术切除。肝功能Child-PughA级、不伴有严重的门静脉高压、肝储备功能良好的患者，是最佳的小肝癌肝切除适应证；肝功能Child-PughB级的小肝癌患者也可选择手术切除，但术前需要做好充分的准备，尽可能地改善肝脏功能使其达到Child-PughA级；而肝功能Child-PughC级的小肝癌则是肝切除的禁忌证。
另外，根据肝癌早期微转移灶与主体肿瘤位于同一肝段的机理，手术切除时又以解剖性肝切除更为合理，因为解剖性肝切除在理论上能将肿瘤及肝内播散的微转移同时切除，从而减少术后复发，还可降低因术中操作挤压肿瘤可能造成的癌细胞脱落及肝内播散与远处转移。与解剖性肝切除相比，非解剖性肝切除虽然近期疗效、病死率等无统计学意义，但其远期疗效、长期生存率和无瘤生存率仍逊于解剖性肝切除。
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