感染性结石的治疗目的以彻底清除结石和根治尿路感染为主，其次是纠正解剖上的畸形和代谢上的异常，抗生素和抗尿素酶药物是目前常用的两种药物。
一、抗生素治疗
结石患者应用抗生素的主要目的是减轻感染症状，不可能治愈结石。虽然如此，抗生素在治疗过程中仍有不可或缺的地位，手术前、后应用可有效预防围手术期尿脓毒症，结石清除后使尿中无细菌生长；也可作为姑息治疗措施阻止或减慢结石生长；术后长期使用对培养生长细菌敏感的抗生素控制感染，可预防感染性结石复发。
二、抗尿素酶药物
乙酰异羟肟酸是临床中应用最早的抗尿素酶药物，能阻止尿素分解，酸化尿液和降低尿氨，
主要用于治疗难治的分泌尿素酶细菌的尿路感染、感染性尿石或长期留置导尿管所引起结石。
尽管如此，该药目前仍处于试用阶段，尚未有大量成功的报道，应用时仍需长期使用抗生素来共同防止尿路感染扩散。
对于患有不同程度的肾盂炎和肾炎的感染性肾结石患者来说，彻底治愈仍有较大难度，达到根治还需继续进行临床研究，寻求更为科学的治疗方案。
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