慢性咽炎与上消化道疾病有密切的关系。在诊断和治疗时，应详细询问病史，全面检查，以便及时发现可能伴有的上消化道疾病。
部分慢性咽炎患者经详细询问病史，除有咽部不适感、异物感、瘙痒、干燥、灼热及微痛外，还有上消化道症状，如上腹疼痛、饱胀不适、嗳气返酸、早饱、恶心、呕吐、吞咽不畅、胸骨后灼热感等。
具有上消化症状的患者除耳鼻咽喉科检查外，需进行纤维胃镜、B超、GI等检查，证实有消化道疾病的分别为：反流性食管炎，慢性胃及十二指肠炎，胃及十二指肠球溃疡，食道裂孔疝，轻度肠网膜上动脉压迫综合征，食管癌，胃癌，胆道疾病，或同时有多种上消化道疾病。
其中，混合型慢性咽炎中以并存反流性食管炎、慢性胃及十二指肠炎和胃及十二指肠溃疡居多；单纯型慢性咽炎以并存胆道疾病或同时并存多种上消化道疾病者居多；萎缩型慢性咽炎则多见并存食道癌或胃癌。
这部分患者除治疗慢性咽炎外，同时应注意治疗上消化道疾病。
对并存食道、胃及十二指肠的良性疾病按症状及严重程度采取单用或联合使用抗酸剂、Hz受体拮抗剂、质子泵抑制剂以及促进胃肠运动药物和胃肠黏膜保护性药物等。浩
治疗上消化道疾病应系统性，疗程足够，连续用药。并应注意戒除烟、酒等嗜好，尽量改变不良饮食习惯和生活方式，如少食宵夜、避免餐后立即卧床、睡眠时高枕位以及不要过度束胸以减少胆汁反流、保持营养均衡、良好的心境和适当的运动笔。
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